Em meados de 1717, quando chegou a Guaratinguetá a notícia de que o conde de Assumar, D. Pedro de Almeida e Portugal, governador da então Capitania de São Paulo e Minas de Ouro, iria passar pela povoação a caminho de Vila Rica (atual cidade de Ouro Preto), em Minas Gerais.

Desejosos de obsequiá-lo com o melhor pescado que obtivessem, os pescadores Domingos Garcia, Filipe Pedroso e João Alves lançaram as suas redes no rio Paraíba do Sul. Depois de muitas tentativas infrutíferas, descendo o curso do rio chegaram a Porto Itaguaçu, a 12 de Outubro. já sem esperança, João Alves lançou a sua rede nas águas e apanhou o corpo de uma imagem de Nossa Senhora da Conceição sem a cabeça. Em nova tentativa apanhou a cabeça da imagem. Envolveram o achado em um lenço e, animados pelo acontecido, lançaram novamente as redes com tanto êxito que que obtiveram copiosa pesca.

Durante quinze anos a imagem permaneceu na residência de Felipe Pedroso, onde as pessoas da vizinhança se reuniam para orar. A devoção foi crescendo entre o povo da região e muitas graças foram alcançadas por aqueles que oravam diante da imagem. A fama dos poderes extraordinários de Nossa Senhora foi se espalhando pelas regiões do Brasil. A família construiu um oratório, que logo se mostrou pequeno. Por volta de 1734, o vigário de Guaratinguetá construiu uma capela no alto do morro dos Coqueiros, aberta à visitação pública em 26 de Julho de 1745. Diante do aumento no número de fiéis, em 1834 foi iniciada a construção de uma igreja maior - a atual Basílica Velha.

Em 6 de Novembro de 1888, a Princesa Isabel visitou pela segunda vez à basílica e ofertou à santa uma coroa de ouro cravejada de diamantes e rubis, juntamente com um manto azul. No ano de 1894, chegou a Aparecida um grupo de padres e irmãos da Congregação dos Missionários Redentoristas, para trabalhar no atendimento aos romeiros que acorriam aos pés da imagem para rezar com a Senhora "Aparecida" das águas.

O bispo da Igreja Universal, Sérgio von Helde, argumentou que era um erro do povo brasileiro depositar suas esperanças em santos, ídolos ou imagens pois, segundo a Bíblia, tais ídolos não têm poder algum. Para demonstrar sua tese, o bispo deu repetidos golpes com os pés na imagem, referindo-se a ela como "um bicho tão feio, tão horrível, tão desgraçado", como a indicar que aquilo seria nada mais do que um objeto inerte.

Apesar da transmissão ter se passado de madrugada, e na ocasião a emissora não apresentava uma audiência significativa naquele horário, entretanto, houve no mesmo dia uma comoção no país. A imprensa deu ampla cobertura a este acontecimento. Apresentando o fato como um ultraje deliberado à fé católica e à padroeira do Brasil, pois o bispo von Helde, chutou a santa em pleno dia de celebrações em sua homenagem. A cena foi tomada como ofensiva e acendeu a revolta dos católicos no Brasil, além de seguidores de outras religiões, contra o bispo von Helde, que depois de ser fortemente criticado pela sociedade brasileira, retirou-se para a África do Sul, trabalhando para a Igreja Universal naquele país.

A comoção do incidente encontrou apoio do poder público. Queixas na polícia e na justiça contra o bispo von Helde e contra a Igreja Universal foram movidas em vários foros, tanto por pessoas comuns quanto pelos próprios delegados e promotores de justiça, sob alegação de crimes como vilipêndio e desrespeito ao direito constitucional de liberdade de culto. Durante vários dias, as cenas dos chutes e os desdobramentos judiciais do caso ficaram nos noticiários.

Foram registrados vários ataques de fiéis católicos revoltados aos templos da Igreja Universal, armados com paus, pedras e até mesmo armas de fogos. Alguns clérigos católicos, no entanto, argumentam que, como a imagem não foi consagrada por um religioso competente, o que Von Helde chutou era, de fato, apenas uma estátua inerte. A Igreja Universal do Reino de Deus nunca se posicionou oficialmente sobre o assunto. Atribuiu as críticas que recebeu devido a forma como a mídia brasileira tratou o caso, segundo ela de forma sensacionalista.